講演抄録/キーワード |
講演名 |
2005-09-15 14:35
ワイルドカードを許した極大モチーフの列挙アルゴリズム ○有村博紀(北大)・宇野毅明(NII) |
抄録 |
(和) |
モチーフとは定数文字と一文字ワイルドカードからなる文字列である.極大モチーフ列挙問題とは,与えられた文字列上に指定回数以上出現し,しかもより長いモチーフに含まれないようなモチーフをすべて列挙する問題であり,分子生物学や時系列解析に広い応用をもつ.本論文では,ワイルドカードをもつモチーフの族に対して,入力文字列長の多項式領域と多項式遅延時間を達成する効率よい極大モチーフ列挙アルゴリズムを与える.さらに,頻出および極大モチーフ数の下限を与え,単純な列挙方式の限界を示す. |
(英) |
In this paper, we consider the problem of finding all maximal motifs in an input string for the class of repeated motifs with wild cards, which has various applications in bioinformatics, sequence mining, and data compression. Since its proposal, its output-sensitive enumeration has been studied, but no algorithms achieved polynomial space and polynomial delay so far. For the problem, we present a polynomial space polynomial delay algorithm for the maximal motif enumeration problem for the repeated motifs with wild cards. We also show exponential lower bound and succinctness results on the number of maximal motifs, which indicate the limit of a straightforward approach. |
キーワード |
(和) |
列挙アルゴリズム / 極大モチーフ発見 / タイリングモチーフ / 系列解析 / データマイニング / / / |
(英) |
Enumeration algorithms / Maximal motif discovery / Basis of tiling motifs / Bioinformatics / / / / |
文献情報 |
信学技報, vol. 105, no. 273, COMP2005-32, pp. 31-38, 2005年9月. |
資料番号 |
COMP2005-32 |
発行日 |
2005-09-08 (COMP) |
ISSN |
Print edition: ISSN 0913-5685 |
PDFダウンロード |
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研究会情報 |
研究会 |
COMP |
開催期間 |
2005-09-15 - 2005-09-15 |
開催地(和) |
大阪大学 豊中キャンパス |
開催地(英) |
Osaka Univ., Toyonaka Campus |
テーマ(和) |
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テーマ(英) |
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講演論文情報の詳細 |
申込み研究会 |
COMP |
会議コード |
2005-09-COMP |
本文の言語 |
英語(日本語タイトルあり) |
タイトル(和) |
ワイルドカードを許した極大モチーフの列挙アルゴリズム |
サブタイトル(和) |
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タイトル(英) |
A Polynomial Space Polynomial Delay Algorithm for Enumerating Maximal Motifs in a Sequence |
サブタイトル(英) |
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キーワード(1)(和/英) |
列挙アルゴリズム / Enumeration algorithms |
キーワード(2)(和/英) |
極大モチーフ発見 / Maximal motif discovery |
キーワード(3)(和/英) |
タイリングモチーフ / Basis of tiling motifs |
キーワード(4)(和/英) |
系列解析 / Bioinformatics |
キーワード(5)(和/英) |
データマイニング / |
キーワード(6)(和/英) |
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キーワード(7)(和/英) |
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キーワード(8)(和/英) |
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第1著者 氏名(和/英/ヨミ) |
有村 博紀 / Hiroki Arimura / アリムラ ヒロキ |
第1著者 所属(和/英) |
北海道大学 (略称: 北大)
Hokkaido University (略称: Hokkaido Univ.) |
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) |
宇野 毅明 / Takeaki Uno / ウノ タケアキ |
第2著者 所属(和/英) |
国立情報学研究所 (略称: NII)
National Institute of Informatics (略称: NII) |
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第3著者 所属(和/英) |
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第4著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第6著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第20著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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講演者 |
第1著者 |
発表日時 |
2005-09-15 14:35:00 |
発表時間 |
35分 |
申込先研究会 |
COMP |
資料番号 |
COMP2005-32 |
巻番号(vol) |
vol.105 |
号番号(no) |
no.273 |
ページ範囲 |
pp.31-38 |
ページ数 |
8 |
発行日 |
2005-09-08 (COMP) |
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