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| 講演抄録／キーワード | ||
| 講演名 | 2011-05-13 09:15 FPGAを用いたSmith-Waterman Algorithmの高速化 ○福井 啓・藤田昌宏（東大）  RECONF2011-12 |
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| 抄録 | （和） | Smith-Waterman Algorithm は遺伝子配列やプロテイン配列のアラインメントに用いられる. 未知の遺伝子やプロテインのサンプルが得られた場合,その特性を把握するために,既知の遺伝子やプロテインのデータベースに含まれる全ての要素に対する類似度を見る必要があり,実行に時間がかかりすぎるという問題がある. 本研究では,FPGAを用いて Smith-Waterman Algorithm の高速な実装について報告する. 実装に際しては,FPGA(Virtex5 SX240T) を用いて,CPU(Intel Xeon 2.93GHz,1core) 比で 138 倍,数値計算専用の GPU(NVidia Tesla 1.15GHz, 448core) に対しても2倍以上の高速化に成功し,FPGA による Smith-Waterman Algorithm の高速化の有効性を示した. また大幅 な高速化が可能になった理由を議論した. |
| （英） | Smith-Waterman Algorithm is utilized for alignment of DNA and protein sequences. When an un- known sample of DNA or protein was aquired, in order to detect its fuction, researchers see the similarity of the unknown sample against the database and this process needs a long calculation time. In this paper, an efficient implementation of Smith-Waterman Algoirthm on FPGA is introduced. This implementation on Virtex-5 SX240T aquired 138 times speed up compared to SSEARCH on CPU (Xeon X5570) and also more than 2 times speed up against GPU(NVidia Tesla 1.15GHz, 448core). The speed up was aquired with an implementation of pipelining, parallelizing and other optimizations. This speed shows us the FPGA’s superiority to deal with Smith-Waterman Algorithm. |
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| キーワード | （和） | FPGA / スミスウオーターマンアルゴリズム / 高速化 / 高位合成 / / / / |
| （英） | FPGA / Smith-Waterman Algorithm / high-level synthesis / / / / / | |
| 文献情報 | 信学技報, vol. 111, no. 31, RECONF2011-12, pp. 67-72, 2011年5月. | |
| 資料番号 | RECONF2011-12 | |
| 発行日 | 2011-05-05 (RECONF) | |
| ISSN | Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 | |
| 著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します．(許諾番号：10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) | |
| PDFダウンロード | RECONF2011-12 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | RECONF |
| 開催期間 | 2011-05-12 - 2011-05-13 |
| 開催地（和） | 北海道大学工学部Ｂ３棟 |
| 開催地（英） | Hokkaido Univ. (Faculty of Eng., B3 Bldg.) |
| テーマ（和） | リコンフィギャラブルシステム、一般 |
| テーマ（英） | Reconfigurable Systems, etc. |
| 講演論文情報の詳細 | |
| 申込み研究会 | RECONF |
| 会議コード | 2011-05-RECONF |
| 本文の言語 | 日本語 |
| タイトル（和） | FPGAを用いたSmith-Waterman Algorithmの高速化 |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | * |
| サブタイトル（英） | |
| キーワード(1)（和/英） | FPGA / FPGA |
| キーワード(2)（和/英） | スミスウオーターマンアルゴリズム / Smith-Waterman Algorithm |
| キーワード(3)（和/英） | 高速化 / high-level synthesis |
| キーワード(4)（和/英） | 高位合成 / |
| キーワード(5)（和/英） | / |
| キーワード(6)（和/英） | / |
| キーワード(7)（和/英） | / |
| キーワード(8)（和/英） | / |
| 第1著者 氏名（和/英/ヨミ） | 福井 啓 / Akira Fukui / フクイ アキラ |
| 第1著者 所属（和/英） | 東京大学 (略称： 東大) The University of Tokyo (略称： Tokyo University) |
| 第2著者 氏名（和/英/ヨミ） | 藤田 昌宏 / Masahiro Fujita / フジタ マサヒロ |
| 第2著者 所属（和/英） | 東京大学 (略称： 東大) The University of Tokyo (略称： Tokyo University) |
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| 講演者 | 第1著者 |
| 発表日時 | 2011-05-13 09:15:00 |
| 発表時間 | 25分 |
| 申込先研究会 | RECONF |
| 資料番号 | RECONF2011-12 |
| 巻番号（vol） | vol.111 |
| 号番号（no） | no.31 |
| ページ範囲 | pp.67-72 |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | 2011-05-05 (RECONF) |
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