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| 講演抄録／キーワード | ||
| 講演名 | 2007-05-17 14:00 生化学シミュレータReCSiPにおける反応速度式共有化 ○山田英樹・岩永直樹・柴田裕一郎（長崎大）・長名保範・吉見真聡・岩岡 洋・西川由理・小嶋利紀・天野英晴・舟橋 啓（慶大）・広井賀子（EMBL-EBI）・北野宏明（JST）・小栗 清（長崎大）  RECONF2007-3 |
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| 抄録 | （和） | FPGAをベースとした生化学シミュレータで大きな系のシミュレーションを行う際には、ハードウェア量の削減を行うことが重要となる。本稿では、シミュレーションモデル中に現われる反応速度式の共通項に着目し、数値積分時に反応速度式を計算するハードウェアモジュールを自動的に共有化して生成する手法を提案する。 この手法では、まず2つの反応速度式を木構造のレベルで共有化し、その後パイプラインスケジューリングと演算リソースのバインディングを行う。評価の結果、共有化により平均14.4\%のスループットの悪化が認められたものの、平均31.36\%のハードウェア削減率を得ることができた。 |
| （英） | In order to simulate large scale biological models with a reconfigurable FPGA-based biochemical simulator system, reduction of required resources is essential. This paper proposes a method which combines a common terms in rate law functions appeared in biochemical models to generate a shared hardware module used for numerical integration in a reconfigurable biochemical simulator. In this approach, two functions are combined in a tree structure level followed by pipeline scheduling and arithmetic module binding. The evaluation results reveals that this combining approach reduces hardware costs by 31.36 \% on average at the cost of 14.4 \% throughput degradation. | |
| キーワード | （和） | 生化学シミュレーション / 演算スケジューリング / 反応速度式 / FPGA / / / / |
| （英） | biochemical simulation / arithmetic scheduling / rate law function / FPGA / / / / | |
| 文献情報 | 信学技報, vol. 107, no. 41, RECONF2007-3, pp. 13-18, 2007年5月. | |
| 資料番号 | RECONF2007-3 | |
| 発行日 | 2007-05-10 (RECONF) | |
| ISSN | Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 | |
| 著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します．(許諾番号：10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) | |
| PDFダウンロード | RECONF2007-3 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | RECONF |
| 開催期間 | 2007-05-17 - 2007-05-18 |
| 開催地（和） | 金沢市文化ホール |
| 開催地（英） | Kanazawa Bunka Hall |
| テーマ（和） | リコンフィギャラブルシステム，一般 |
| テーマ（英） | Reconfigurable Systems, etc. |
| 講演論文情報の詳細 | |
| 申込み研究会 | RECONF |
| 会議コード | 2007-05-RECONF |
| 本文の言語 | 日本語 |
| タイトル（和） | 生化学シミュレータReCSiPにおける反応速度式共有化 |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Autometic combining of rate law functions for an FPGA-based biochemical simulator ReCSiP |
| サブタイトル（英） | |
| キーワード(1)（和/英） | 生化学シミュレーション / biochemical simulation |
| キーワード(2)（和/英） | 演算スケジューリング / arithmetic scheduling |
| キーワード(3)（和/英） | 反応速度式 / rate law function |
| キーワード(4)（和/英） | FPGA / FPGA |
| キーワード(5)（和/英） | / |
| キーワード(6)（和/英） | / |
| キーワード(7)（和/英） | / |
| キーワード(8)（和/英） | / |
| 第1著者 氏名（和/英/ヨミ） | 山田 英樹 / Hideki Yamada / |
| 第1著者 所属（和/英） | 長崎大学 (略称： 長崎大) Nagasaki University (略称： Nagasaki Univ.) |
| 第2著者 氏名（和/英/ヨミ） | 岩永 直樹 / Naoki Iwanaga / |
| 第2著者 所属（和/英） | 長崎大学 (略称： 長崎大) Nagasaki University (略称： Nagasaki Univ.) |
| 第3著者 氏名（和/英/ヨミ） | 柴田 裕一郎 / Yuichiro Shibata / |
| 第3著者 所属（和/英） | 長崎大学 (略称： 長崎大) Nagasaki University (略称： Nagasaki Univ.) |
| 第4著者 氏名（和/英/ヨミ） | 長名 保範 / Yasunori Osana / |
| 第4著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学 (略称： 慶大) Keio University (略称： Keio Univ.) |
| 第5著者 氏名（和/英/ヨミ） | 吉見 真聡 / Masato Yoshimi / |
| 第5著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学 (略称： 慶大) Keio University (略称： Keio Univ.) |
| 第6著者 氏名（和/英/ヨミ） | 岩岡 洋 / Yow Iwaoka / |
| 第6著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学 (略称： 慶大) Keio University (略称： Keio Univ.) |
| 第7著者 氏名（和/英/ヨミ） | 西川 由理 / Yuri Nishikawa / |
| 第7著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学 (略称： 慶大) Keio University (略称： Keio Univ.) |
| 第8著者 氏名（和/英/ヨミ） | 小嶋 利紀 / Toshinori Kojima / |
| 第8著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学 (略称： 慶大) Keio University (略称： Keio Univ.) |
| 第9著者 氏名（和/英/ヨミ） | 天野 英晴 / Hideharu Amano / |
| 第9著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学 (略称： 慶大) Keio University (略称： Keio Univ.) |
| 第10著者 氏名（和/英/ヨミ） | 舟橋 啓 / Akira Funahashi / |
| 第10著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学 (略称： 慶大) Keio University (略称： Keio Univ.) |
| 第11著者 氏名（和/英/ヨミ） | 広井 賀子 / Noriko Hiroi / |
| 第11著者 所属（和/英） | EMBL-EBI, Thornton group (略称： EMBL-EBI) EMBL-EBI, Thornton Group (略称： EMBL-EBI) |
| 第12著者 氏名（和/英/ヨミ） | 北野 宏明 / Hiroaki Kitano / |
| 第12著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構 (略称： JST) Japan Science and Technology Agency (略称： JST) |
| 第13著者 氏名（和/英/ヨミ） | 小栗 清 / Kiyoshi Oguri / |
| 第13著者 所属（和/英） | 長崎大学 (略称： 長崎大) Nagasaki University (略称： Nagasaki Univ.) |
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| 講演者 | 第1著者 |
| 発表日時 | 2007-05-17 14:00:00 |
| 発表時間 | 30分 |
| 申込先研究会 | RECONF |
| 資料番号 | RECONF2007-3 |
| 巻番号（vol） | vol.107 |
| 号番号（no） | no.41 |
| ページ範囲 | pp.13-18 |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | 2007-05-10 (RECONF) |
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