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| 講演抄録／キーワード | ||
| 講演名 | 2008-03-10 11:50 DNA配列に適した圧縮全文索引 ○定兼邦彦（九大）  COMP2007-60 |
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| 抄録 | （和） | 大規模データの処理で問題になるのはそのデータを格納するための領域と， 高速に検索を行うためのデータ構造の大きさである．近年提案された簡潔データ構造 は，従来のデータ構造を圧縮しつつ，問合せの計算量が変化しないものであり， 大規模データ処理に適している．しかし実際の計算機上での動作速度は かなり低速になってしまっている．本論文では，DNA配列の検索用の簡潔データ構造 で，動作速度が高速であるものを提案する．他手法と比較すると，同一使用メモリ 量の場合には検索速度が約10倍，同一検索速度の場合には使用メモリが 約半分となっている． |
| （英） | A problem of processing large-scale data is the amount of space to store data and the size of data structures for efficient search. To solve the problem, succinct data structures have been proposed, which can store data structures in a compressed form, while supporting various queries in the same time complexities. Succinct data structures are therefore suitable for processing large-scale data. On the contrary, operation speed on an actual computer becomes considerably low-speed. In this paper, a succinct data structure for searching DNA sequences is proposed. Its query speed is fast; if the same amount of memory is used, its query speed is 10 times faster than other methods, and its memory usage is half of them to achieve the same query speed. |
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| キーワード | （和） | 簡潔データ構造 / DNA配列 / ブロックソート圧縮法 / 圧縮接尾辞配列 / / / / |
| （英） | succinct data structures / DNA sequences / block sorting compression / compressed suffix arrays / / / / | |
| 文献情報 | 信学技報, vol. 107, no. 537, COMP2007-60, pp. 33-37, 2008年3月. | |
| 資料番号 | COMP2007-60 | |
| 発行日 | 2008-03-03 (COMP) | |
| ISSN | Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 | |
| 著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します．(許諾番号：10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) | |
| PDFダウンロード | COMP2007-60 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | COMP |
| 開催期間 | 2008-03-10 - 2008-03-10 |
| 開催地（和） | 日本アイ・ビー・エム（株）大和事業所 |
| 開催地（英） | |
| テーマ（和） | |
| テーマ（英） | |
| 講演論文情報の詳細 | |
| 申込み研究会 | COMP |
| 会議コード | 2008-03-COMP |
| 本文の言語 | 日本語 |
| タイトル（和） | DNA配列に適した圧縮全文索引 |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Compressed Full-text Indexes for DNA Sequences |
| サブタイトル（英） | |
| キーワード(1)（和/英） | 簡潔データ構造 / succinct data structures |
| キーワード(2)（和/英） | DNA配列 / DNA sequences |
| キーワード(3)（和/英） | ブロックソート圧縮法 / block sorting compression |
| キーワード(4)（和/英） | 圧縮接尾辞配列 / compressed suffix arrays |
| キーワード(5)（和/英） | / |
| キーワード(6)（和/英） | / |
| キーワード(7)（和/英） | / |
| キーワード(8)（和/英） | / |
| 第1著者 氏名（和/英/ヨミ） | 定兼 邦彦 / Kunihiko Sadakane / サダカネ クニヒコ |
| 第1著者 所属（和/英） | 九州大学 (略称： 九大) Kyushu University (略称： Kyushu U.) |
| 講演者 | 第1著者 |
| 発表日時 | 2008-03-10 11:50:00 |
| 発表時間 | 20分 |
| 申込先研究会 | COMP |
| 資料番号 | COMP2007-60 |
| 巻番号（vol） | vol.107 |
| 号番号（no） | no.537 |
| ページ範囲 | pp.33-37 |
| ページ数 | 5 |
| 発行日 | 2008-03-03 (COMP) |
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