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| 講演抄録／キーワード | ||
| 講演名 | 2009-05-14 16:10 FPGAを用いた汎用生化学シミュレータにおけるハードウェアモジュール自動生成アルゴリズムの実機評価 ○大屋智範・山田英樹・石森智也・柴田裕一郎（長崎大）・長名保範（成蹊大）・吉見真聡（同志社大）・西川由理・天野英晴・舟橋 啓・広井賀子（慶大）・小栗 清（長崎大）  RECONF2009-7 |
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| 抄録 | （和） | FPGAをベースとした再構成可能なコンピュータには、性能とハードウェアコスト のトレードオフにおいて、これらの比重を変更可能であるという利点が存在する。しかし、このトレードオフについてのアプリケーションレベルにおける議論はユーザにとって重要であるにも関わらず、あまりなされてこなかった。本稿は、FPGAにおける生化学モデルのシミュレーションを対象に、複数の機能を単一のハードウェアモジュールに割り当てる手法の実機評価を示す。その結果を用いて、ハードウェアコスト、シミュレーションにおけるスループット、並列性の抽出、データ転送のオーバーヘッドの観点から、複数の機能をそれぞれモジュールで実現した場合と複数の機能を単一のモジュールで実現した場合を比較し、議論を行う。 |
| （英） | One of the obvious advantages of FPGA-based reconfigurable computing is customizability of a tradeoff point between performance and hardware costs. However, this tradeoff has rarely been discussed in a whole application level, which is the most important view for application users. This paper presents empirical evaluation of a hardware module sharing technique which can shift a tradeoff point of area and performance on an FPGA-based biochemical simulator. The practical biochemical simulation results are discussed in terms of hardware costs, simulation throughput, parallelism extracted in simulation hardware, and data transfer overheads. | |
| キーワード | （和） | 生化学シミュレーション / 同型部分グラフ / 反応速度式 / FPGA / データ転送 / トレードオフ / / |
| （英） | biochemical simulation / common subgraph / reaction rate equation / FPGA / data transfer / trade-off / / | |
| 文献情報 | 信学技報, vol. 109, no. 26, RECONF2009-7, pp. 37-42, 2009年5月. | |
| 資料番号 | RECONF2009-7 | |
| 発行日 | 2009-05-07 (RECONF) | |
| ISSN | Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 | |
| 著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します．(許諾番号：10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) | |
| PDFダウンロード | RECONF2009-7 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | RECONF |
| 開催期間 | 2009-05-14 - 2009-05-15 |
| 開催地（和） | 福井大学文京キャンパス |
| 開催地（英） | |
| テーマ（和） | リコンフィギャラブルシステム，一般 |
| テーマ（英） | |
| 講演論文情報の詳細 | |
| 申込み研究会 | RECONF |
| 会議コード | 2009-05-RECONF |
| 本文の言語 | 日本語 |
| タイトル（和） | FPGAを用いた汎用生化学シミュレータにおけるハードウェアモジュール自動生成アルゴリズムの実機評価 |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Performance evaluation of an auto-generation algorithm of hardware modules for an FPGA-based general-purpose biochemical simulator |
| サブタイトル（英） | |
| キーワード(1)（和/英） | 生化学シミュレーション / biochemical simulation |
| キーワード(2)（和/英） | 同型部分グラフ / common subgraph |
| キーワード(3)（和/英） | 反応速度式 / reaction rate equation |
| キーワード(4)（和/英） | FPGA / FPGA |
| キーワード(5)（和/英） | データ転送 / data transfer |
| キーワード(6)（和/英） | トレードオフ / trade-off |
| キーワード(7)（和/英） | / |
| キーワード(8)（和/英） | / |
| 第1著者 氏名（和/英/ヨミ） | 大屋 智範 / Tomonori Ooya / オオヤ トモノリ |
| 第1著者 所属（和/英） | 長崎大学 (略称： 長崎大) Nagasaki University (略称： Nagasaki Univ) |
| 第2著者 氏名（和/英/ヨミ） | 山田 英樹 / Hideki Yamada / ヤマダ ヒデキ |
| 第2著者 所属（和/英） | 長崎大学 (略称： 長崎大) Nagasaki University (略称： Nagasaki Univ) |
| 第3著者 氏名（和/英/ヨミ） | 石森 智也 / Tomoya Ishimori / イシモリ トモヤ |
| 第3著者 所属（和/英） | 長崎大学 (略称： 長崎大) Nagasaki University (略称： Nagasaki Univ) |
| 第4著者 氏名（和/英/ヨミ） | 柴田 裕一郎 / Yuichiro Shibata / シバタ ユウイチロウ |
| 第4著者 所属（和/英） | 長崎大学 (略称： 長崎大) Nagasaki University (略称： Nagasaki Univ) |
| 第5著者 氏名（和/英/ヨミ） | 長名 保範 / Yasunori Osana / オサナ ヤスノリ |
| 第5著者 所属（和/英） | 成蹊大学 (略称： 成蹊大) Seikei Unversity (略称： Seikei Univ) |
| 第6著者 氏名（和/英/ヨミ） | 吉見 真聡 / Masato Yoshimi / ヨシミ マサト |
| 第6著者 所属（和/英） | 同志社大学 (略称： 同志社大) Doshisha University (略称： Doshisha Univ) |
| 第7著者 氏名（和/英/ヨミ） | 西川 由理 / Yuri Nishikawa / ニシカワ ユリ |
| 第7著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学 (略称： 慶大) Keio University (略称： Keio Univ) |
| 第8著者 氏名（和/英/ヨミ） | 天野 英晴 / Hideharu Amano / アマノ ヒデハル |
| 第8著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学 (略称： 慶大) Keio University (略称： Keio Univ) |
| 第9著者 氏名（和/英/ヨミ） | 舟橋 啓 / Akira Funahashi / フナハシ アキラ |
| 第9著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学 (略称： 慶大) Keio University (略称： Keio Univ) |
| 第10著者 氏名（和/英/ヨミ） | 広井 賀子 / Noriko Hiroi / ヒロイ ノリコ |
| 第10著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学 (略称： 慶大) Keio University (略称： Keio Univ) |
| 第11著者 氏名（和/英/ヨミ） | 小栗 清 / Kiyoshi Oguri / オグリ キヨシ |
| 第11著者 所属（和/英） | 長崎大学 (略称： 長崎大) Nagasaki University (略称： Nagasaki Univ) |
| 第12著者 氏名（和/英/ヨミ） | / / |
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| 講演者 | 第1著者 |
| 発表日時 | 2009-05-14 16:10:00 |
| 発表時間 | 30分 |
| 申込先研究会 | RECONF |
| 資料番号 | RECONF2009-7 |
| 巻番号（vol） | vol.109 |
| 号番号（no） | no.26 |
| ページ範囲 | pp.37-42 |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | 2009-05-07 (RECONF) |
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