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| 講演抄録／キーワード | ||
| 講演名 | 2011-07-26 15:05 機械学習によるタンパク質のO型糖鎖修飾部位の予測とその機能の考察 ○西川郁子・伊藤將弘（立命館大）・福地佐斗志（前橋工科大）・本間桂一（国立遺伝学研）・西川 建  NC2011-42 |
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| 抄録 | （和） | 哺乳類タンパク質の主要な翻訳後修飾である糖鎖修飾のうち，機構の詳細が未解明であるO型糖鎖修飾を対象として，機械学習により修飾部位の予測を行った．タンパク質配列データベースUniProtから得た実験的知見を元に，サポートベクターマシンを用いて，セリンやトレオニン部位に対する修飾の有無を予測する．本報告では特に，アミノ酸配列上での修飾部位の分布の偏りに着目し，修飾部位を二つのタイプに分類し，個別に予測器を構築した．その結果，予測精度が84.3\%まで向上し，また，修飾に寄与する要因が両タイプで異なることが分かった．さらに，タンパク質天然変性領域との関係を統計的に解析し，O型糖鎖修飾が果たす役割を考察した． |
| （英） | {\it O}-glycosylation is one of the important posttranslational modifications of mammalian proteins. We applied a support vector machine (SVM) to predict whether Ser or Thr is glycosylated, aiming at studying the {\it O}-glycosylation mechanism. {\it O}-glycosylated sites are often found in cluster, whereas other sites are located sporadically. Therefore, we developed two types of SVMs for predicting clustered and isolated sites separately. Moreover, we found that the {\it O}-glycosylation sites, especially of the clustered type, are preferentially located within intrinsically disordered regions of proteins, which could be the key feature for understanding the property and the role of {\it O}-glycosylation in functional diversity and structural stability of the biological systems. | |
| キーワード | （和） | タンパク質糖鎖修飾 / 予測 / 機械学習 / サポートベクターマシン / 天然変性領域 / / / |
| （英） | Protein O-glycosylation / Prediction / Machine Learning / Support Vector Machine / Intrinsically Disordered Region / / / | |
| 文献情報 | 信学技報, vol. 111, no. 157, NC2011-42, pp. 119-122, 2011年7月. | |
| 資料番号 | NC2011-42 | |
| 発行日 | 2011-07-18 (NC) | |
| ISSN | Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 | |
| 著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します．(許諾番号：10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) | |
| PDFダウンロード | NC2011-42 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | NC |
| 開催期間 | 2011-07-25 - 2011-07-26 |
| 開催地（和） | 神戸大学大学院工学研究科 |
| 開催地（英） | Graduate School of Engineering, Kobe University |
| テーマ（和） | 知的システム、一般 |
| テーマ（英） | Intelligent systems and general |
| 講演論文情報の詳細 | |
| 申込み研究会 | NC |
| 会議コード | 2011-07-NC |
| 本文の言語 | 日本語 |
| タイトル（和） | 機械学習によるタンパク質のO型糖鎖修飾部位の予測とその機能の考察 |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Prediction of Protein O-Glycosylation Sites by Machine Learning and a Study on its Function |
| サブタイトル（英） | |
| キーワード(1)（和/英） | タンパク質糖鎖修飾 / Protein O-glycosylation |
| キーワード(2)（和/英） | 予測 / Prediction |
| キーワード(3)（和/英） | 機械学習 / Machine Learning |
| キーワード(4)（和/英） | サポートベクターマシン / Support Vector Machine |
| キーワード(5)（和/英） | 天然変性領域 / Intrinsically Disordered Region |
| キーワード(6)（和/英） | / |
| キーワード(7)（和/英） | / |
| キーワード(8)（和/英） | / |
| 第1著者 氏名（和/英/ヨミ） | 西川 郁子 / Ikuko Nishikawa / ニシカワ イクコ |
| 第1著者 所属（和/英） | 立命館大学 (略称： 立命館大) Ritsumeikan University (略称： Ritsumeikan Univ.) |
| 第2著者 氏名（和/英/ヨミ） | 伊藤 將弘 / Masahiro Ito / イトウ マサヒロ |
| 第2著者 所属（和/英） | 立命館大学 (略称： 立命館大) Ritsumeikan University (略称： Ritsumeikan Univ.) |
| 第3著者 氏名（和/英/ヨミ） | 福地 佐斗志 / Satoshi Fukuchi / フクチ サトシ |
| 第3著者 所属（和/英） | 前橋工科大学 (略称： 前橋工科大) Maebashi Institute of Technology (略称： Maebashi Inst. Tech.) |
| 第4著者 氏名（和/英/ヨミ） | 本間 桂一 / Keiichi Homma / ホンマ ケイイチ |
| 第4著者 所属（和/英） | 国立遺伝学研究所 (略称： 国立遺伝学研) National Institute of Genetics (略称： NIG) |
| 第5著者 氏名（和/英/ヨミ） | 西川 建 / Ken Nishikawa / ニシカワ ケン |
| 第5著者 所属（和/英） | * (略称： *) * (略称： *) |
| 講演者 | 第1著者 |
| 発表日時 | 2011-07-26 15:05:00 |
| 発表時間 | 25分 |
| 申込先研究会 | NC |
| 資料番号 | NC2011-42 |
| 巻番号（vol） | vol.111 |
| 号番号（no） | no.157 |
| ページ範囲 | pp.119-122 |
| ページ数 | 4 |
| 発行日 | 2011-07-18 (NC) |
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