講演抄録/キーワード |
講演名 |
2011-09-27 11:10
パイプライン化アレイプロセッサによるSmith-Watermanアルゴリズムの高速化 ○田中飛鳥・石川 淑・宮崎敏明(会津大) VLD2011-50 |
抄録 |
(和) |
Smith-Waterman アルゴリズムは、バイオインフォマティクス分野のシーケンスアライメントを行うアルゴリズムとして広く使用されている。本稿では、Smith-Waterman アルゴリズムの高速化を狙いとして、Processing Element(PE)を複数用い、それらをパイプライン動作させる一次元アレイプロセッサを提案する。本アレイプロセッサは、PEを増やすだけで、長いシーケンスにも対応できる拡張性を有している。また、提案アレイプロセッサを、FPGAにマッピングし、実行速度と回路規模の評価も行ったので、あわせて報告する。 |
(英) |
Smith-Waterman algorithm is widely used for sequence alignment in bioinformatics. In this paper, a linear array processor whose processing elements (PEs) are pipelined is proposed to accelerate Smith-Waterman algorithm. The proposed array processor has rich scalability so that it can deal with long sequences by just increasing PEs. An FPGA implementation of the array processor and its evaluation results are also described. |
キーワード |
(和) |
BLAST / 動的計画法 / アレイプロセッサ / シストリックアレイ / / / / |
(英) |
BLAST / Dynamic Programming / Array Processor / Systolic Array / / / / |
文献情報 |
信学技報, vol. 111, no. 216, VLD2011-50, pp. 55-59, 2011年9月. |
資料番号 |
VLD2011-50 |
発行日 |
2011-09-19 (VLD) |
ISSN |
Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 |
著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します.(許諾番号:10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) |
PDFダウンロード |
VLD2011-50 |
研究会情報 |
研究会 |
VLD |
開催期間 |
2011-09-26 - 2011-09-27 |
開催地(和) |
会津大学 産学イノベーションセンター(UBIC) 3Dシアター |
開催地(英) |
University of Aizu |
テーマ(和) |
物理設計および一般 |
テーマ(英) |
Physical-level Design, etc. |
講演論文情報の詳細 |
申込み研究会 |
VLD |
会議コード |
2011-09-VLD |
本文の言語 |
日本語 |
タイトル(和) |
パイプライン化アレイプロセッサによるSmith-Watermanアルゴリズムの高速化 |
サブタイトル(和) |
|
タイトル(英) |
Acceleration of Smith-Waterman Algorithm using a Pipelined Array Processor |
サブタイトル(英) |
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キーワード(1)(和/英) |
BLAST / BLAST |
キーワード(2)(和/英) |
動的計画法 / Dynamic Programming |
キーワード(3)(和/英) |
アレイプロセッサ / Array Processor |
キーワード(4)(和/英) |
シストリックアレイ / Systolic Array |
キーワード(5)(和/英) |
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キーワード(6)(和/英) |
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キーワード(7)(和/英) |
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キーワード(8)(和/英) |
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第1著者 氏名(和/英/ヨミ) |
田中 飛鳥 / Asuka Tanaka / タナカ アスカ |
第1著者 所属(和/英) |
会津大学 (略称: 会津大)
University of Aizu (略称: Univ. of Aizu) |
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) |
石川 淑 / Shizuka Ishikawa / 石川 シズカ |
第2著者 所属(和/英) |
会津大学 (略称: 会津大)
University of Aizu (略称: Univ. of Aizu) |
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) |
宮崎 敏明 / Toshiaki Miyazaki / ミヤザキ トシアキ |
第3著者 所属(和/英) |
会津大学 (略称: 会津大)
University of Aizu (略称: Univ. of Aizu) |
第4著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第5著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第6著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第10著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第11著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第12著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第13著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第14著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第15著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第16著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第19著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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第20著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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講演者 |
第1著者 |
発表日時 |
2011-09-27 11:10:00 |
発表時間 |
25分 |
申込先研究会 |
VLD |
資料番号 |
VLD2011-50 |
巻番号(vol) |
vol.111 |
号番号(no) |
no.216 |
ページ範囲 |
pp.55-59 |
ページ数 |
5 |
発行日 |
2011-09-19 (VLD) |