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講演抄録/キーワード
講演名 2011-09-27 11:10
パイプライン化アレイプロセッサによるSmith-Watermanアルゴリズムの高速化
田中飛鳥石川 淑宮崎敏明会津大VLD2011-50
抄録 (和) Smith-Waterman アルゴリズムは、バイオインフォマティクス分野のシーケンスアライメントを行うアルゴリズムとして広く使用されている。本稿では、Smith-Waterman アルゴリズムの高速化を狙いとして、Processing Element(PE)を複数用い、それらをパイプライン動作させる一次元アレイプロセッサを提案する。本アレイプロセッサは、PEを増やすだけで、長いシーケンスにも対応できる拡張性を有している。また、提案アレイプロセッサを、FPGAにマッピングし、実行速度と回路規模の評価も行ったので、あわせて報告する。 
(英) Smith-Waterman algorithm is widely used for sequence alignment in bioinformatics. In this paper, a linear array processor whose processing elements (PEs) are pipelined is proposed to accelerate Smith-Waterman algorithm. The proposed array processor has rich scalability so that it can deal with long sequences by just increasing PEs. An FPGA implementation of the array processor and its evaluation results are also described.
キーワード (和) BLAST / 動的計画法 / アレイプロセッサ / シストリックアレイ / / / /  
(英) BLAST / Dynamic Programming / Array Processor / Systolic Array / / / /  
文献情報 信学技報, vol. 111, no. 216, VLD2011-50, pp. 55-59, 2011年9月.
資料番号 VLD2011-50 
発行日 2011-09-19 (VLD) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685    Online edition: ISSN 2432-6380
著作権に
ついて
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します.(許諾番号:10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034)
PDFダウンロード VLD2011-50

研究会情報
研究会 VLD  
開催期間 2011-09-26 - 2011-09-27 
開催地(和) 会津大学 産学イノベーションセンター(UBIC) 3Dシアター 
開催地(英) University of Aizu 
テーマ(和) 物理設計および一般 
テーマ(英) Physical-level Design, etc. 
講演論文情報の詳細
申込み研究会 VLD 
会議コード 2011-09-VLD 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) パイプライン化アレイプロセッサによるSmith-Watermanアルゴリズムの高速化 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) Acceleration of Smith-Waterman Algorithm using a Pipelined Array Processor 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) BLAST / BLAST  
キーワード(2)(和/英) 動的計画法 / Dynamic Programming  
キーワード(3)(和/英) アレイプロセッサ / Array Processor  
キーワード(4)(和/英) シストリックアレイ / Systolic Array  
キーワード(5)(和/英) /  
キーワード(6)(和/英) /  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 田中 飛鳥 / Asuka Tanaka / タナカ アスカ
第1著者 所属(和/英) 会津大学 (略称: 会津大)
University of Aizu (略称: Univ. of Aizu)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 石川 淑 / Shizuka Ishikawa / 石川 シズカ
第2著者 所属(和/英) 会津大学 (略称: 会津大)
University of Aizu (略称: Univ. of Aizu)
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) 宮崎 敏明 / Toshiaki Miyazaki / ミヤザキ トシアキ
第3著者 所属(和/英) 会津大学 (略称: 会津大)
University of Aizu (略称: Univ. of Aizu)
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講演者 第1著者 
発表日時 2011-09-27 11:10:00 
発表時間 25分 
申込先研究会 VLD 
資料番号 VLD2011-50 
巻番号(vol) vol.111 
号番号(no) no.216 
ページ範囲 pp.55-59 
ページ数
発行日 2011-09-19 (VLD) 


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