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| 講演抄録／キーワード | ||
| 講演名 | 2012-09-03 11:25 de Bruijnグラフの圧縮 Alexander Bowe（NII）・小野寺 拓（東大）・○定兼邦彦（NII）・渋谷哲朗（東大）  COMP2012-29 |
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| 抄録 | （和） | 本稿はde Bruijnグラフの新しい簡潔表現を提案する． 長さ $N$ のDNA配列の $k$-mer に対するde Bruijnグラフが $m$ 本の枝を持つとき， このグラフは $4m+ \order(m)$ ビットで表現できる． 節点の出次数と入次数は定数時間，ある節点から出る，またはある節点に入る枝で 指定されたラベルを持つものはそれぞれ定数時間，$\Order(k)$ 時間で求まる． データ構造は余分な作業領域を使わずに $\Order(Nk \log m/\log\log m)$ 時間で構築できる． |
| （英） | We propose a new succinct de Bruijn graph representation. If the de Bruijn graph of $k$-mers in a DNA sequence of length $N$ has $m$ edges, it can be represented in $4m + \order(m)$ bits. This is much smaller than existing ones. The numbers of outgoing and incoming edges of a node are computed in constant time, and the outgoing and incoming edge with given label are found in constant time and $\Order(k)$ time, respectively. The data structure is constructed in $\Order(Nk \log m/\log\log m)$ time using no additional space. |
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| キーワード | （和） | de Bruijnグラフ / ゲノムアセンブリ / 簡潔データ構造 / / / / / |
| （英） | de Bruijn graph / genome assembly / succinct data structures / / / / / | |
| 文献情報 | 信学技報, vol. 112, no. 199, COMP2012-29, pp. 25-32, 2012年9月. | |
| 資料番号 | COMP2012-29 | |
| 発行日 | 2012-08-27 (COMP) | |
| ISSN | Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 | |
| 著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します．(許諾番号：10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) | |
| PDFダウンロード | COMP2012-29 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | COMP |
| 開催期間 | 2012-09-03 - 2012-09-03 |
| 開催地（和） | 法政大学 |
| 開催地（英） | Hosei University |
| テーマ（和） | |
| テーマ（英） | |
| 講演論文情報の詳細 | |
| 申込み研究会 | COMP |
| 会議コード | 2012-09-COMP |
| 本文の言語 | 英語（日本語タイトルあり） |
| タイトル（和） | de Bruijnグラフの圧縮 |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Compressing de Bruijn Graphs |
| サブタイトル（英） | |
| キーワード(1)（和/英） | de Bruijnグラフ / de Bruijn graph |
| キーワード(2)（和/英） | ゲノムアセンブリ / genome assembly |
| キーワード(3)（和/英） | 簡潔データ構造 / succinct data structures |
| キーワード(4)（和/英） | / |
| キーワード(5)（和/英） | / |
| キーワード(6)（和/英） | / |
| キーワード(7)（和/英） | / |
| キーワード(8)（和/英） | / |
| 第1著者 氏名（和/英/ヨミ） | Alexander Bowe / Alexander Bowe / ボウ アレクサンダ |
| 第1著者 所属（和/英） | 国立情報学研究所 (略称： NII) National Institute of Informatics (略称： NII) |
| 第2著者 氏名（和/英/ヨミ） | 小野寺 拓 / Taku Onodera / オノデラ タク |
| 第2著者 所属（和/英） | 東京大学 (略称： 東大) The University of Tokyo (略称： Univ. of Tokyo) |
| 第3著者 氏名（和/英/ヨミ） | 定兼 邦彦 / Kunihiko Sadakane / サダカネ クニヒコ |
| 第3著者 所属（和/英） | 国立情報学研究所 (略称： NII) National Institute of Informatics (略称： NII) |
| 第4著者 氏名（和/英/ヨミ） | 渋谷 哲朗 / Tetsuo Shibuya / |
| 第4著者 所属（和/英） | 東京大学 (略称： 東大) The University of Tokyo (略称： Univ. of Tokyo) |
| 講演者 | 第3著者 |
| 発表日時 | 2012-09-03 11:25:00 |
| 発表時間 | 35分 |
| 申込先研究会 | COMP |
| 資料番号 | COMP2012-29 |
| 巻番号（vol） | vol.112 |
| 号番号（no） | no.199 |
| ページ範囲 | pp.25-32 |
| ページ数 | 8 |
| 発行日 | 2012-08-27 (COMP) |
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