講演抄録/キーワード |
講演名 |
2012-11-08 15:00
MCMC Strategy for Protein Complex Prediction Using Cluster Size Frequency Daisuke Tatsuke・○Osamu Maruyama(Kyushu Univ.) IBISML2012-91 |
抄録 |
(和) |
(まだ登録されていません) |
(英) |
In this paper we propose a Markov chain Monte Carlo sampling method for predicting protein complexes
from protein-protein interactions (PPIs). Many of the existing tools for this problem are designed more or less
based on a density measure of a subgraph of the PPI network. This kind of measures is less effective for smaller
complexes. On the other hand, it can be found that the frequency of complexes of size, i, in a database of protein
complexes often follows a power-law, i raised to the power of γ, where γ is a constant. Thus, most of the complexes are small-sized. For
example, in CYC2008, a database of curated protein complexes of yeast, 42% of the complexes are heterodimeric,
i.e., a complex consisting of two different proteins. In this work, we propose a protein complex prediction algorithm,
called PPSampler (Proteins’ Partition Sampler), which is designed based on the Metropolis-Hastings algorithm using
a parameter representing a target value of the relative frequency of the number of predicted protein complexes of a
particular size. In a performance comparison, PPSampler outperforms other existing algorithms. Furthermore, about
half of the predicted clusters that are not matched with any known complexes in CYC2008 are statistically significant
by Gene Ontology terms. Some of them can be expected to be true complexes. |
キーワード |
(和) |
タンパク質複合体 / タンパク質間相互作用 / サンプリング / マルコフ連鎖モンテカルロ / メトロポリスーヘイスティングス / べき乗則 / / |
(英) |
protein complex / protein-protein interaction / sampling / Markov chain Monte Carlo / Metropolis-Hastings / power-law / / |
文献情報 |
信学技報, vol. 112, no. 279, IBISML2012-91, pp. 409-416, 2012年11月. |
資料番号 |
IBISML2012-91 |
発行日 |
2012-10-31 (IBISML) |
ISSN |
Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 |
著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します.(許諾番号:10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) |
PDFダウンロード |
IBISML2012-91 |
研究会情報 |
研究会 |
IBISML |
開催期間 |
2012-11-07 - 2012-11-09 |
開催地(和) |
筑波大学 東京キャンパス文京校舎 |
開催地(英) |
Bunkyo School Building, Tokyo Campus, Tsukuba Univ. |
テーマ(和) |
第15回情報論的学習理論ワークショップ |
テーマ(英) |
the 15th Information-Based Induction Sciences Workshop |
講演論文情報の詳細 |
申込み研究会 |
IBISML |
会議コード |
2012-11-IBISML |
本文の言語 |
英語 |
タイトル(和) |
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サブタイトル(和) |
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タイトル(英) |
MCMC Strategy for Protein Complex Prediction Using Cluster Size Frequency |
サブタイトル(英) |
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キーワード(1)(和/英) |
タンパク質複合体 / protein complex |
キーワード(2)(和/英) |
タンパク質間相互作用 / protein-protein interaction |
キーワード(3)(和/英) |
サンプリング / sampling |
キーワード(4)(和/英) |
マルコフ連鎖モンテカルロ / Markov chain Monte Carlo |
キーワード(5)(和/英) |
メトロポリスーヘイスティングス / Metropolis-Hastings |
キーワード(6)(和/英) |
べき乗則 / power-law |
キーワード(7)(和/英) |
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キーワード(8)(和/英) |
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第1著者 氏名(和/英/ヨミ) |
田附 大典 / Daisuke Tatsuke / タツケ ダイスケ |
第1著者 所属(和/英) |
九州大学 (略称: 九大)
Kyushu University (略称: Kyushu Univ.) |
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) |
丸山 修 / Osamu Maruyama / マルヤマ オサム |
第2著者 所属(和/英) |
九州大学 (略称: 九大)
Kyushu University (略称: Kyushu Univ.) |
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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講演者 |
第2著者 |
発表日時 |
2012-11-08 15:00:00 |
発表時間 |
150分 |
申込先研究会 |
IBISML |
資料番号 |
IBISML2012-91 |
巻番号(vol) |
vol.112 |
号番号(no) |
no.279 |
ページ範囲 |
pp.409-416 |
ページ数 |
8 |
発行日 |
2012-10-31 (IBISML) |
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