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| 講演抄録／キーワード | ||
| 講演名 | 2013-05-20 15:00 An FPGA Implementation of the Progressive Tree Neighborhood Algorithm -- Phylogenetic Tree Reconstruction with Maximum Parsimony -- ○Henry Block・Tsutomu Maruyama（Univ. of Tsukuba）  RECONF2013-2 |
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| 抄録 | （和） | (まだ登録されていません) |
| （英） | In this paper, we present an FPGA-hardware implementation for the progressive tree neighborhood algorithm applied to phylogenetic tree reconstruction with maximum parsimony. The proposed hardware architecture is modular, and has pipelined stages to improve the performance and reduce the execution time of the algorithm. Implementation results for a specific problem showed a 1247x acceleration compared to a C++ software implementation. | |
| キーワード | （和） | / / / / / / / |
| （英） | FPGA / Bioinformatics / Acceleration / Parsimony / / / / | |
| 文献情報 | 信学技報, vol. 113, no. 52, RECONF2013-2, pp. 7-12, 2013年5月. | |
| 資料番号 | RECONF2013-2 | |
| 発行日 | 2013-05-13 (RECONF) | |
| ISSN | Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 | |
| 著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します．(許諾番号：10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) | |
| PDFダウンロード | RECONF2013-2 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | RECONF |
| 開催期間 | 2013-05-20 - 2013-05-21 |
| 開催地（和） | 高知県民文化ホール |
| 開催地（英） | Kochi Prefectural Culture Hall |
| テーマ（和） | リコンフィギャラブルシステム、一般 |
| テーマ（英） | Reconfigurable Systems, etc. |
| 講演論文情報の詳細 | |
| 申込み研究会 | RECONF |
| 会議コード | 2013-05-RECONF |
| 本文の言語 | 英語 |
| タイトル（和） | |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | An FPGA Implementation of the Progressive Tree Neighborhood Algorithm |
| サブタイトル（英） | Phylogenetic Tree Reconstruction with Maximum Parsimony |
| キーワード(1)（和/英） | / FPGA |
| キーワード(2)（和/英） | / Bioinformatics |
| キーワード(3)（和/英） | / Acceleration |
| キーワード(4)（和/英） | / Parsimony |
| キーワード(5)（和/英） | / |
| キーワード(6)（和/英） | / |
| キーワード(7)（和/英） | / |
| キーワード(8)（和/英） | / |
| 第1著者 氏名（和/英/ヨミ） | ブロック ヘンリー / Henry Block / ブロック ヘンリー |
| 第1著者 所属（和/英） | 筑波大学 (略称： 筑波大) University of Tsukuba (略称： Univ. of Tsukuba) |
| 第2著者 氏名（和/英/ヨミ） | 丸山 勉 / Tsutomu Maruyama / マルヤマ ツトム |
| 第2著者 所属（和/英） | 筑波大学 (略称： 筑波大) University of Tsukuba (略称： Univ. of Tsukuba) |
| 講演者 | 第1著者 |
| 発表日時 | 2013-05-20 15:00:00 |
| 発表時間 | 25分 |
| 申込先研究会 | RECONF |
| 資料番号 | RECONF2013-2 |
| 巻番号（vol） | vol.113 |
| 号番号（no） | no.52 |
| ページ範囲 | pp.7-12 |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | 2013-05-13 (RECONF) |
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