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| 講演抄録／キーワード | ||
| 講演名 | 2013-11-12 15:45 ［ポスター講演］Predicting Protein Complexes by Sampling More Accurately and Efficiently Chasanah Kusumastuti Widita・○Osamu Maruyama（Kyushu Univ.）  IBISML2013-49 |
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| 抄録 | （和） | (まだ登録されていません) |
| （英） | The problem of predicting sets of components of heteromeric protein complexes is a challenging problem in Systems Biology. There have been many tools proposed to predict those complexes. Among them, PPSampler, a protein complex prediction algorithm based on the Metropolis-Hastings algorithm, is reported to outperform other tools. In this work, we improve PPSampler by refining scoring functions and a proposal distribution used inside the algorithm so that predicted clusters are more accurate as well as the resulting algorithm runs faster. The new version is called PPSampler2. In computational experiments, PPSampler2 is shown to outperform other tools including PPSampler. The F-measure score of PPSampler2 is 0.67, which is at least 26% higher than those of the other tools. Furthermore, the running time is reduced to twenty minutes, which is 1/24 of that of PPSampler. |
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| キーワード | （和） | タンパク質複合体 / べき乗則 / MCMC / 正則化 / タンパク質間相互作用 / / / |
| （英） | protein complex / power-law / MCMC / regularization / protein-protein interaction / / / | |
| 文献情報 | 信学技報, vol. 113, no. 286, IBISML2013-49, pp. 99-106, 2013年11月. | |
| 資料番号 | IBISML2013-49 | |
| 発行日 | 2013-11-05 (IBISML) | |
| ISSN | Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 | |
| 著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します．(許諾番号：10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) | |
| PDFダウンロード | IBISML2013-49 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | IBISML |
| 開催期間 | 2013-11-10 - 2013-11-13 |
| 開催地（和） | 東京工業大学 蔵前会館 |
| 開催地（英） | Tokyo Institute of Technology, Kuramae-Kaikan |
| テーマ（和） | 第16回情報論的学習理論ワークショップ & 第2回IBISMLチュートリアル |
| テーマ（英） | The 16th IBIS Workshop & The 2nd IBIS Tutorial |
| 講演論文情報の詳細 | |
| 申込み研究会 | IBISML |
| 会議コード | 2013-11-IBISML |
| 本文の言語 | 英語 |
| タイトル（和） | |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Predicting Protein Complexes by Sampling More Accurately and Efficiently |
| サブタイトル（英） | |
| キーワード(1)（和/英） | タンパク質複合体 / protein complex |
| キーワード(2)（和/英） | べき乗則 / power-law |
| キーワード(3)（和/英） | MCMC / MCMC |
| キーワード(4)（和/英） | 正則化 / regularization |
| キーワード(5)（和/英） | タンパク質間相互作用 / protein-protein interaction |
| キーワード(6)（和/英） | / |
| キーワード(7)（和/英） | / |
| キーワード(8)（和/英） | / |
| 第1著者 氏名（和/英/ヨミ） | Chasanah Kusumastuti Widita / Chasanah Kusumastuti Widita / |
| 第1著者 所属（和/英） | 九州大学 (略称： 九大) Kyushu University (略称： Kyushu Univ.) |
| 第2著者 氏名（和/英/ヨミ） | 丸山 修 / Osamu Maruyama / マルヤマ オサム |
| 第2著者 所属（和/英） | 九州大学 (略称： 九大) Kyushu University (略称： Kyushu Univ.) |
| 講演者 | 第2著者 |
| 発表日時 | 2013-11-12 15:45:00 |
| 発表時間 | 180分 |
| 申込先研究会 | IBISML |
| 資料番号 | IBISML2013-49 |
| 巻番号（vol） | vol.113 |
| 号番号（no） | no.286 |
| ページ範囲 | pp.99-106 |
| ページ数 | 8 |
| 発行日 | 2013-11-05 (IBISML) |
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