講演抄録/キーワード |
講演名 |
2015-01-26 16:15
複数のShort Readセットを活用したde Bruijnグラフに基づく二段階De Novoゲノムアセンブリ手法 ○重信琢人・名嘉村盛和(琉球大) MSS2014-75 SS2014-39 |
抄録 |
(和) |
本稿では、de Bruijnグラフに基づく二段階アセンブリング手法を提案する。
提案手法は同一ターゲットに対して複数のShort Readセットが得られた時に、第一段階のアセンブリングでそれぞれのShort Readセットからcontigを構築し、第二段階では第一段階で得られた複数のcontigセットを入力データとみなして再度de Bruijnグラフに基づくDNAアセンブリングを行うものである。
また、この手法を一般化して、第一段階で構築された各Short Readセットに対するde Bruijnグラフ、またはノード結合等のグラフ変換を行った後のグラフを統合しDNAアセンブリングを行う方法を提案する。 |
(英) |
We propose a two phase scheme for de novo genome assembly based on de Bruijn graphs.
Given multiple short read sets obtained with different environments but for a same target genome, our scheme applies firstly a de Bruijn Graph based assembly algorithm to each and then perform again the algorithm for the obtained contigs.
Moreover, we present a generalized extension of our proposed scheme.
Computer experiment shows that our approach performs effectively for some benchmark test data. |
キーワード |
(和) |
DNA配列アセンブリ / de Bruijnグラフ / de novo アセンブリ / 二段階アセンブリ / / / / |
(英) |
DNA assembly / de Bruijn graph / de novo assembly / two phase assemblyl / / / / |
文献情報 |
信学技報, vol. 114, no. 415, MSS2014-75, pp. 37-41, 2015年1月. |
資料番号 |
MSS2014-75 |
発行日 |
2015-01-19 (MSS, SS) |
ISSN |
Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 |
著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します.(許諾番号:10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) |
PDFダウンロード |
MSS2014-75 SS2014-39 |
研究会情報 |
研究会 |
MSS SS |
開催期間 |
2015-01-26 - 2015-01-27 |
開催地(和) |
ブランナールみささ |
開催地(英) |
|
テーマ(和) |
一般 |
テーマ(英) |
|
講演論文情報の詳細 |
申込み研究会 |
MSS |
会議コード |
2015-01-MSS-SS |
本文の言語 |
日本語 |
タイトル(和) |
複数のShort Readセットを活用したde Bruijnグラフに基づく二段階De Novoゲノムアセンブリ手法 |
サブタイトル(和) |
|
タイトル(英) |
A Two Phase Scheme for De Novo Genome Assembly based on de Bruijn Graphs for Multiple Short Read Sets |
サブタイトル(英) |
|
キーワード(1)(和/英) |
DNA配列アセンブリ / DNA assembly |
キーワード(2)(和/英) |
de Bruijnグラフ / de Bruijn graph |
キーワード(3)(和/英) |
de novo アセンブリ / de novo assembly |
キーワード(4)(和/英) |
二段階アセンブリ / two phase assemblyl |
キーワード(5)(和/英) |
/ |
キーワード(6)(和/英) |
/ |
キーワード(7)(和/英) |
/ |
キーワード(8)(和/英) |
/ |
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) |
重信 琢人 / Takuto Shigenobu / シゲノブ タクト |
第1著者 所属(和/英) |
琉球大学 (略称: 琉球大)
University of the Ryukyus (略称: Univ. of the Ryukyus) |
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) |
名嘉村 盛和 / Morikazu Nakamura / ナカムラ モリカズ |
第2著者 所属(和/英) |
琉球大学 (略称: 琉球大)
University of the Ryukyus (略称: Univ. of the Ryukyus) |
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) |
/ / |
第3著者 所属(和/英) |
(略称: )
(略称: ) |
第4著者 氏名(和/英/ヨミ) |
/ / |
第4著者 所属(和/英) |
(略称: )
(略称: ) |
第5著者 氏名(和/英/ヨミ) |
/ / |
第5著者 所属(和/英) |
(略称: )
(略称: ) |
第6著者 氏名(和/英/ヨミ) |
/ / |
第6著者 所属(和/英) |
(略称: )
(略称: ) |
第7著者 氏名(和/英/ヨミ) |
/ / |
第7著者 所属(和/英) |
(略称: )
(略称: ) |
第8著者 氏名(和/英/ヨミ) |
/ / |
第8著者 所属(和/英) |
(略称: )
(略称: ) |
第9著者 氏名(和/英/ヨミ) |
/ / |
第9著者 所属(和/英) |
(略称: )
(略称: ) |
第10著者 氏名(和/英/ヨミ) |
/ / |
第10著者 所属(和/英) |
(略称: )
(略称: ) |
第11著者 氏名(和/英/ヨミ) |
/ / |
第11著者 所属(和/英) |
(略称: )
(略称: ) |
第12著者 氏名(和/英/ヨミ) |
/ / |
第12著者 所属(和/英) |
(略称: )
(略称: ) |
第13著者 氏名(和/英/ヨミ) |
/ / |
第13著者 所属(和/英) |
(略称: )
(略称: ) |
第14著者 氏名(和/英/ヨミ) |
/ / |
第14著者 所属(和/英) |
(略称: )
(略称: ) |
第15著者 氏名(和/英/ヨミ) |
/ / |
第15著者 所属(和/英) |
(略称: )
(略称: ) |
第16著者 氏名(和/英/ヨミ) |
/ / |
第16著者 所属(和/英) |
(略称: )
(略称: ) |
第17著者 氏名(和/英/ヨミ) |
/ / |
第17著者 所属(和/英) |
(略称: )
(略称: ) |
第18著者 氏名(和/英/ヨミ) |
/ / |
第18著者 所属(和/英) |
(略称: )
(略称: ) |
第19著者 氏名(和/英/ヨミ) |
/ / |
第19著者 所属(和/英) |
(略称: )
(略称: ) |
第20著者 氏名(和/英/ヨミ) |
/ / |
第20著者 所属(和/英) |
(略称: )
(略称: ) |
講演者 |
第1著者 |
発表日時 |
2015-01-26 16:15:00 |
発表時間 |
25分 |
申込先研究会 |
MSS |
資料番号 |
MSS2014-75, SS2014-39 |
巻番号(vol) |
vol.114 |
号番号(no) |
no.415(MSS), no.416(SS) |
ページ範囲 |
pp.37-41 |
ページ数 |
5 |
発行日 |
2015-01-19 (MSS, SS) |