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| 講演抄録／キーワード | ||
| 講演名 | 2015-03-17 14:20 分布定数系生体機能モデルの並列シミュレーションにおけるデータ分割改善手法 ○桑 幸生・前濱貴哉・プンザラン フロレンシオ ラスティ・桑原寛明・國枝義敏・天野 晃（立命館大）  MBE2014-137 NC2014-88 |
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| 抄録 | （和） | 本研究では MPI 向けの生体機能シミュレーションプログラムのデータ分割を自動で変更することでシミュ レーションを高速化する手法を提案する.生体機能シミュレーションでは,通常偏微分方程式系で記述された細胞モ デルを扱う.細胞モデルとして与えられた偏微分方程式系を,多数の細胞ごとに,時間発展計算の形で大規模な数値 計算を行う.この計算時間を短縮するために,複数の PE(Processor Element) からなる並列計算機による並列化が求 められる.MPI(Message Passing Interface) などを用いて,各 PE が相互に必要となるデータをやりとりしつつ,各 PE に細胞群を分担させ計算させる.細胞群の分割次第では,それぞれの PE 間で実行時間に差異が生まれる.PE 間 に実行時間の差があると,シミュレーションに必要な実行時間が大きくなる.そこで本論文では,細胞群の分割を自 動で変更することで,PE 間の実行時間を平準化する手法を提案する.PE 間の実行時間が平準化することで,実行時 間が遅い PE をなくし,生体機能シミュレーション全体の高速化を実現することを目的とする. |
| （英） | In this research, we propose a method to improve the simulation speed of MPI parallel program by automatically repartitioning the target simulation space. By using the MPI parallel program, the total simulation time is reduced compared to the sequential program, however, the performance strongly depends on the simulation space partition. In this method, we used the measured computation time of each processing element (PE) to refine the assigned area of each PE which leads to the balanced computational time of all PE. Key words biological function simulation, parallel simulation program, CellML, data parallel, data divide |
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| キーワード | （和） | 生体機能シミュレーション / 並列シミュレーションプログラム / CellML / データ並列 / データ分割 / / / |
| （英） | biological function simulation / parallel simulation program / CellML / data parallel / data divide / / / | |
| 文献情報 | 信学技報, vol. 114, no. 514, MBE2014-137, pp. 117-122, 2015年3月. | |
| 資料番号 | MBE2014-137 | |
| 発行日 | 2015-03-09 (MBE, NC) | |
| ISSN | Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 | |
| 著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します．(許諾番号：10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) | |
| PDFダウンロード | MBE2014-137 NC2014-88 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | NC MBE |
| 開催期間 | 2015-03-16 - 2015-03-17 |
| 開催地（和） | 玉川大学 |
| 開催地（英） | Tamagawa University |
| テーマ（和） | ME，一般 |
| テーマ（英） | ME, etc |
| 講演論文情報の詳細 | |
| 申込み研究会 | MBE |
| 会議コード | 2015-03-NC-MBE |
| 本文の言語 | 日本語 |
| タイトル（和） | 分布定数系生体機能モデルの並列シミュレーションにおけるデータ分割改善手法 |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | A Refinement Method of Biological Morphology Data Division for Parallel Computing of Distributed Parameter Systems |
| サブタイトル（英） | |
| キーワード(1)（和/英） | 生体機能シミュレーション / biological function simulation |
| キーワード(2)（和/英） | 並列シミュレーションプログラム / parallel simulation program |
| キーワード(3)（和/英） | CellML / CellML |
| キーワード(4)（和/英） | データ並列 / data parallel |
| キーワード(5)（和/英） | データ分割 / data divide |
| キーワード(6)（和/英） | / |
| キーワード(7)（和/英） | / |
| キーワード(8)（和/英） | / |
| 第1著者 氏名（和/英/ヨミ） | 桑 幸生 / Yukio Kuwa / クワ ユキオ |
| 第1著者 所属（和/英） | 立命館大学 (略称： 立命館大) Ritsumeikan University (略称： Ritsumeikan Univ.) |
| 第2著者 氏名（和/英/ヨミ） | 前濱 貴哉 / Takaya Maehama / マエハマ タカヤ |
| 第2著者 所属（和/英） | 立命館大学 (略称： 立命館大) Ritsumeikan University (略称： Ritsumeikan Univ.) |
| 第3著者 氏名（和/英/ヨミ） | プンザラン フロレンシオ ラスティ / Florencio Rusty Punzalan / プンザラン フロレンシオ ラスティ |
| 第3著者 所属（和/英） | 立命館大学 (略称： 立命館大) Ritsumeikan University (略称： Ritsumeikan Univ.) |
| 第4著者 氏名（和/英/ヨミ） | 桑原 寛明 / Hiroaki Kuwabara / クワバラ ヒロアキ |
| 第4著者 所属（和/英） | 立命館大学 (略称： 立命館大) Ritsumeikan University (略称： Ritsumeikan Univ.) |
| 第5著者 氏名（和/英/ヨミ） | 國枝 義敏 / Yoshitoshi Kunieda / クニエダ ヨシトシ |
| 第5著者 所属（和/英） | 立命館大学 (略称： 立命館大) Ritsumeikan University (略称： Ritsumeikan Univ.) |
| 第6著者 氏名（和/英/ヨミ） | 天野 晃 / Akira Amano / アマノ アキラ |
| 第6著者 所属（和/英） | 立命館大学 (略称： 立命館大) Ritsumeikan University (略称： Ritsumeikan Univ.) |
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| 講演者 | 第1著者 |
| 発表日時 | 2015-03-17 14:20:00 |
| 発表時間 | 25分 |
| 申込先研究会 | MBE |
| 資料番号 | MBE2014-137, NC2014-88 |
| 巻番号（vol） | vol.114 |
| 号番号（no） | no.514(MBE), no.515(NC) |
| ページ範囲 | pp.117-122 |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | 2015-03-09 (MBE, NC) |
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