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| 講演抄録／キーワード | ||
| 講演名 | 2019-07-25 13:25 ヒトゲノム表現型解析におけるビット並列探索およびプロセス並列処理による高速化 ○宮本悠一朗・置田真生・伊野文彦（阪大）  CPSY2019-25 DC2019-25 |
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| 抄録 | （和） | 本稿では，SNP(Single Nucleotide Polymorphism)およびメチル化サイトの組み合わせに基づく一卵性双生児の表現型解析の高速化を目的として，塩基配列に対するビット並列探索およびt検定のプロセス並列化を提案する．表現型解析は，長さ約30億の塩基配列上に分布するSNPおよびメチル化サイトから近傍にある対を探索し， 各対に対して検定する処理を繰り返す.提案手法は，まずビット並列性を用いて64塩基単位で近傍対を探索する.次に，プロセス並列化を用いて複数の対に対するt検定を高速化する.実験の結果，20コア搭載のマルチコア計算機において，提案手法は既存手法と比較して46倍の高速化を得た. |
| （英） | In this paper, we propose a combined method of a bit-parallel search in a base sequence and multiprocessing of t-tests for accelerating a phenotypic analysis of monozygotic twins based on a combination of Single Nucleotide Polymorphism (SNPs) and methylation sites. The phenotypic analysis consists of the following two processes: identification of neighboring pairs of SNP and methylation site in a base sequence over 3 billion bases, and t-tests on the pairs. The proposed method searches for neighboring pairs every 64 bases in a bit-parallel manner. In addition, the proposed method accelerates multiple t-tests using a multiprocessing paradigm. The experimental results show the proposed method was 46 times faster than the existing method on a 20-core CPU. | |
| キーワード | （和） | バイオインフォマティクス / 範囲探索 / t検定 / 負荷分散 / / / / |
| （英） | bioinformatics / range search / t-test / load balancing / / / / | |
| 文献情報 | 信学技報, vol. 119, no. 147, CPSY2019-25, pp. 117-122, 2019年7月. | |
| 資料番号 | CPSY2019-25 | |
| 発行日 | 2019-07-17 (CPSY, DC) | |
| ISSN | Online edition: ISSN 2432-6380 | |
| 著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します．(許諾番号：10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) | |
| PDFダウンロード | CPSY2019-25 DC2019-25 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | CPSY DC IPSJ-ARC |
| 開催期間 | 2019-07-24 - 2019-07-26 |
| 開催地（和） | 北見市民会館 |
| 開催地（英） | Kitami Civic Hall |
| テーマ（和） | 並列／分散／協調システムとディペンダブルコンピューティングおよび一般 |
| テーマ（英） | Parallel, Distributed and Cooperative Processing Systems and Dependable Computing |
| 講演論文情報の詳細 | |
| 申込み研究会 | CPSY |
| 会議コード | 2019-07-CPSY-DC-ARC |
| 本文の言語 | 日本語 |
| タイトル（和） | ヒトゲノム表現型解析におけるビット並列探索およびプロセス並列処理による高速化 |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Acceleration of Human Genome Phenotypic Analysis using Bit-Parallel Search and Multiprocessing |
| サブタイトル（英） | |
| キーワード(1)（和/英） | バイオインフォマティクス / bioinformatics |
| キーワード(2)（和/英） | 範囲探索 / range search |
| キーワード(3)（和/英） | t検定 / t-test |
| キーワード(4)（和/英） | 負荷分散 / load balancing |
| キーワード(5)（和/英） | / |
| キーワード(6)（和/英） | / |
| キーワード(7)（和/英） | / |
| キーワード(8)（和/英） | / |
| 第1著者 氏名（和/英/ヨミ） | 宮本 悠一朗 / Yuichiro Miyamoto / ミヤモト ユウイチロウ |
| 第1著者 所属（和/英） | 大阪大学 (略称： 阪大) Osaka University (略称： Osaka Univ.) |
| 第2著者 氏名（和/英/ヨミ） | 置田 真生 / Masao Okita / オキタ マサオ |
| 第2著者 所属（和/英） | 大阪大学 (略称： 阪大) Osaka University (略称： Osaka Univ.) |
| 第3著者 氏名（和/英/ヨミ） | 伊野 文彦 / Fumihiko Ino / イノ フミヒコ |
| 第3著者 所属（和/英） | 大阪大学 (略称： 阪大) Osaka University (略称： Osaka Univ.) |
| 講演者 | 第1著者 |
| 発表日時 | 2019-07-25 13:25:00 |
| 発表時間 | 30分 |
| 申込先研究会 | CPSY |
| 資料番号 | CPSY2019-25, DC2019-25 |
| 巻番号（vol） | vol.119 |
| 号番号（no） | no.147(CPSY), no.148(DC) |
| ページ範囲 | pp.117-122 |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | 2019-07-17 (CPSY, DC) |
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