講演抄録/キーワード |
講演名 |
2007-06-14 11:45
最近傍分類器の分類誤差を用いた遺伝子グループの有意性検定に関する一考察 ○竹内一郎・林 真太郎(三重大)・勝呂 幸・瀬戸加大(愛知県がんセンター) NC2007-13 |
抄録 |
(和) |
マイクロアレイによる発現解析データを生物情報データベースと関連づけて解釈することの重要性が認識されつつある. そのような必要性から, パスウェイなどにより定義された遺伝子のグループをひとまとまりとして捉え, その有意性を評価するための統計的検定法の確立が望まれている. 本報告では遺伝子グループの有意性検定の1アプローチとして, 最近傍判別器の分類誤差を統計量に用いる方法を提案する. 提案するアプローチは, 従来のものよりも計算コストが低く, さまざまな発現パターンの違いを検出できるという特長を持つ. シミュレーションによる検出力の評価とマイクロアレイデータへの適用実験を通して, 提案するアプローチの有効性を示す. |
(英) |
Relating gene expression profiles from microarray experiments with biological knowledge databases is an important step for understanding biological mechanism. It motivates the development of statistical techniques that quantify the significance of the expression profiles for sets of genes defined, e.g., based on pathway information. In this report we propose a new approach for gene set significance analysis. The proposed test measures the significance of gene sets using cross-validated errors of nearest-neighbor classifiers. Our approach is computationally efficient and powerful to detect various types of differences in expression patterns. We demonstrate the advantage of our approach through the simulation studies for power analysis and an application to a public microarray data. |
キーワード |
(和) |
マイクロアレイ / 発現解析 / パスウェイ解析 / 遺伝子グループ / 統計的検定 / 多重比較 / 並び替え検定 / 最近傍法 |
(英) |
Microarray / Expression Profile / Pathway Analysis / Gene Set / Statistical Test / Multiple Comparison / Permutation Test / Nearest-Neighbor Method |
文献情報 |
信学技報, vol. 107, no. 92, NC2007-13, pp. 29-34, 2007年6月. |
資料番号 |
NC2007-13 |
発行日 |
2007-06-07 (NC) |
ISSN |
Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 |
著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します.(許諾番号:10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) |
PDFダウンロード |
NC2007-13 |
研究会情報 |
研究会 |
NC |
開催期間 |
2007-06-14 - 2007-06-15 |
開催地(和) |
沖縄科学技術研究基盤整備機構 |
開催地(英) |
OIST Seaside House |
テーマ(和) |
機械学習によるバイオデータマインニング,一般 |
テーマ(英) |
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講演論文情報の詳細 |
申込み研究会 |
NC |
会議コード |
2007-06-NC |
本文の言語 |
日本語 |
タイトル(和) |
最近傍分類器の分類誤差を用いた遺伝子グループの有意性検定に関する一考察 |
サブタイトル(和) |
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タイトル(英) |
A Study on Significance Analysis of Gene Sets Using Nearest-Neighbor Classification Error |
サブタイトル(英) |
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キーワード(1)(和/英) |
マイクロアレイ / Microarray |
キーワード(2)(和/英) |
発現解析 / Expression Profile |
キーワード(3)(和/英) |
パスウェイ解析 / Pathway Analysis |
キーワード(4)(和/英) |
遺伝子グループ / Gene Set |
キーワード(5)(和/英) |
統計的検定 / Statistical Test |
キーワード(6)(和/英) |
多重比較 / Multiple Comparison |
キーワード(7)(和/英) |
並び替え検定 / Permutation Test |
キーワード(8)(和/英) |
最近傍法 / Nearest-Neighbor Method |
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) |
竹内 一郎 / Ichiro Takeuchi / タケウチ イチロウ |
第1著者 所属(和/英) |
三重大学 (略称: 三重大)
Mie University (略称: Mie Univ.) |
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) |
林 真太郎 / Shintaro Hayashi / ハヤシ シンタロウ |
第2著者 所属(和/英) |
三重大学 (略称: 三重大)
Mie University (略称: Mie Univ.) |
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) |
勝呂 幸 / Miyuki Suguro / スグロ ミユキ |
第3著者 所属(和/英) |
愛知県がんセンター (略称: 愛知県がんセンター)
Aichi Cancer Center (略称: Aichi Cancer Center) |
第4著者 氏名(和/英/ヨミ) |
瀬戸 加大 / Masao Seto / セト マサオ |
第4著者 所属(和/英) |
愛知県がんセンター (略称: 愛知県がんセンター)
Aichi Cancer Center (略称: Aichi Cancer Center) |
第5著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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講演者 |
第1著者 |
発表日時 |
2007-06-14 11:45:00 |
発表時間 |
25分 |
申込先研究会 |
NC |
資料番号 |
NC2007-13 |
巻番号(vol) |
vol.107 |
号番号(no) |
no.92 |
ページ範囲 |
pp.29-34 |
ページ数 |
6 |
発行日 |
2007-06-07 (NC) |