講演抄録/キーワード |
講演名 |
2010-11-05 15:30
[ポスター講演]MSTに基づくSVMパス追跡を用いた多重多変量2標本検定による遺伝子群解析に関する一考察 ○石川勇太・磯部浩太(名工大)・烏山昌幸(名工大/学振)・泉 泰介・竹内一郎(名工大) IBISML2010-88 |
抄録 |
(和) |
マイクロアレイ技術により, 多くの遺伝子発現量を同時に計測できるようになった. 本研究では, 生物学的に関連の深い複数の遺伝子からなるグループ(遺伝子群)のうち, 2標本で発現パターンの異なっている遺伝子群を同定する問題を考察する. このような遺伝子群を同定する問題は遺伝子群解析(gene set analysis)と呼ばれ, 多重多変量2標本検定として定式化される. 本研究では, この問題のためにサポートベクトルマシン(SVM)に基づく多重多変量2標本検定を導入する. このアプローチにおいては, 統計量の帰無分布をラベル並べ替え演算により推定しなければならないため, SVMの学習(最適化)を多数回行わなくてはならない. 本稿では, SVMのラベル並べ替え解を効率的に計算するため, 最小全域木(MST)とパス追跡を用いるアプローチを提案する. |
(英) |
Microarray technology enables us to measure expression levels of thousands of genes simultaneously. We consider how to find differentially expressed gene sets between two samples. This task is called gene set analysis and it is formulated as multiple multivariate two-sample test. In this study, we introduce multiple multivariate two-sample test based on Support Vector Machine (SVM). In this approach, we have to train many label permuted SVMs in order to estimate the null distribution. To alleviate the computational difficulty, we propose an efficient algorithm for computing a set of label permuted SVMs using minimum spanning tree (MST) and path-following techniques. |
キーワード |
(和) |
多変量2標本検定 / SVM / MST / パス追跡 / 遺伝子群解析 / 多重検定 / / |
(英) |
multivariate two-sample test / SVM / MST / path-following / gene set analysis / multiple testing / / |
文献情報 |
信学技報, vol. 110, no. 265, IBISML2010-88, pp. 211-220, 2010年11月. |
資料番号 |
IBISML2010-88 |
発行日 |
2010-10-28 (IBISML) |
ISSN |
Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 |
著作権に ついて |
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IBISML2010-88 |