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| 講演抄録／キーワード | ||
| 講演名 | 2022-07-08 14:40 ［ショートペーパー］Automatic Cell Tracking in 4D Arabidopsis Root Microscopic Images Using Genetic Algorithm ○Yu Song・Yutaro Iwamoto（Ritsumeikan Univ.）・Tatsuaki Goh（NAIST）・Yohei Kondo（ExCELLS）・Keiji Nakajima（NAIST）・Yen-wei Chen（Ritsumeikan Univ.）  MI2022-34 |
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| 抄録 | （和） | (まだ登録されていません) |
| （英） | Single-particle tracking (SPT) is a crucial progress to discover unknown principles of plants. Through accurate tracking of each particle on time-lapse images of biological samples taken by microscopes, many hypotheses in biological field can thus be verified. A commonly used method for tracking is called linear assignment problem (LAP) tracker. LAP tracker is well suited for particles undergoing Brownian motion. However, in our task, we are going to track the cortex cells of Arabidopsis root on 3D time-lapse (4D) images, where cells of Arabidopsis root are densely arranged. This makes LAP tracker ineffective when considering the distances costs of links. To realize accurate SPT on this task, we propose an automatic tracking method using genetic algorithm (GA). Based on the shape information we know about Arabidopsis roots, a 3D image at a frame can be viewed as 8 lines of cells. Therefore, we turn the SPT into the tracking on each of 8 lines in the time axis. Due to the elongation of cells, each line is not a straight line but more like a curve. For each frame, we use a GA to select an optimal plane to project cells. The projected cells are well separated to 8 regions, where each region represents a line of cells. After clustering the projected cells into 8 lines, we do the tracking based on 8 lines of cells. Finally, we operate SPT of each cortex cell. Through experiments, the proposed method realizes stable and accurate tracking of Arabidopsis root cortex cells. | |
| キーワード | （和） | / / / / / / / |
| （英） | Arabidopsis Root / Cell Tracking / Genetic Algorithm / Single-Particle Tracking / / / / | |
| 文献情報 | 信学技報, vol. 122, no. 98, MI2022-34, pp. 10-15, 2022年7月. | |
| 資料番号 | MI2022-34 | |
| 発行日 | 2022-07-01 (MI) | |
| ISSN | Online edition: ISSN 2432-6380 | |
| 著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します．(許諾番号：10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) | |
| PDFダウンロード | MI2022-34 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | MI |
| 開催期間 | 2022-07-08 - 2022-07-09 |
| 開催地（和） | 小樽商工会議所・小樽経済センターホール（４階） |
| 開催地（英） | |
| テーマ（和） | 医用画像処理・認識一般 |
| テーマ（英） | Medical imaging, recoginition, etc. |
| 講演論文情報の詳細 | |
| 申込み研究会 | MI |
| 会議コード | 2022-07-MI |
| 本文の言語 | 英語 |
| タイトル（和） | |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Automatic Cell Tracking in 4D Arabidopsis Root Microscopic Images Using Genetic Algorithm |
| サブタイトル（英） | |
| キーワード(1)（和/英） | / Arabidopsis Root |
| キーワード(2)（和/英） | / Cell Tracking |
| キーワード(3)（和/英） | / Genetic Algorithm |
| キーワード(4)（和/英） | / Single-Particle Tracking |
| キーワード(5)（和/英） | / |
| キーワード(6)（和/英） | / |
| キーワード(7)（和/英） | / |
| キーワード(8)（和/英） | / |
| 第1著者 氏名（和/英/ヨミ） | 宋 裕 / Yu Song / ソウ ユウ |
| 第1著者 所属（和/英） | 立命館大学 (略称： 立命館大) Ritsumeikan University (略称： Ritsumeikan Univ.) |
| 第2著者 氏名（和/英/ヨミ） | 岩本 祐太郎 / Yutaro Iwamoto / イワモト ユタロウ |
| 第2著者 所属（和/英） | 立命館大学 (略称： 立命館大) Ritsumeikan University (略称： Ritsumeikan Univ.) |
| 第3著者 氏名（和/英/ヨミ） | 郷 達明 / Tatsuaki Goh / ゴウ タツキ |
| 第3著者 所属（和/英） | 奈良先端科学技術大学院大学 (略称： 奈良先端大) Nara Institute of Science and Technology (略称： NAIST) |
| 第4著者 氏名（和/英/ヨミ） | 近藤 洋平 / Yohei Kondo / コンド ヨヘイ |
| 第4著者 所属（和/英） | 自然科学研究機構生命創成探究センター (略称： 自然科学研究機構) Exploratory Research Center on Life and Living Systems (略称： ExCELLS) |
| 第5著者 氏名（和/英/ヨミ） | 中島 敬二 / Keiji Nakajima / ナカジマ ケイジ |
| 第5著者 所属（和/英） | 奈良先端科学技術大学院大学 (略称： 奈良先端大) Nara Institute of Science and Technology (略称： NAIST) |
| 第6著者 氏名（和/英/ヨミ） | 陳 延偉 / Yen-wei Chen / チン エンイ |
| 第6著者 所属（和/英） | 立命館大学 (略称： 立命館大) Ritsumeikan University (略称： Ritsumeikan Univ.) |
| 講演者 | 第1著者 |
| 発表日時 | 2022-07-08 14:40:00 |
| 発表時間 | 20分 |
| 申込先研究会 | MI |
| 資料番号 | MI2022-34 |
| 巻番号（vol） | vol.122 |
| 号番号（no） | no.98 |
| ページ範囲 | pp.10-15 |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | 2022-07-01 (MI) |
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