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| 講演抄録／キーワード | ||
| 講演名 | 2022-11-24 14:15 リカレンスプロット逆変換を用いた染色体3次元構造の高速再構成 ○平田祥人（筑波大）  NLP2022-63 |
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| 抄録 | （和） | リカレンスプロットは、時系列データを視覚化する道具として元々提案された2 次元平面図である(Eckmann et al., EPL 1988; Marwan et al., Phys. Rep., 2007)。リカレンスプロットから元の時系列の概形が復元できることが知られている(Hirata et al., Eur. Phys. J. Spec. Top., 2008; Hirata et al., Int. J. Bifurcat. Chaos, 2015; Khor & Small, Chaos, 2016)。この性質を利用して、染色体の3 次元構造の再構成ができる(Hirata et al., Sci. Rep., 2016)。最先端の分子生物学的な実験により、1 細胞ごとに、染色体のどの部分とどの部分が空間的に近傍であるかということが、single cell Hi-C データによりわかるようになった(Nagano et al., Nature, 2013; Tan et al., Science, 2018)。このデータを使って、2次元的に、染色体のどの部分とどの部分が似ているかを示すコンタクトマップは、リカレンスプロットと見た目がそっくりになる。よって、リカレンスプロットから元の時系列データを再構成する技術を用いると、single cell Hi-C データから、染色体の3 次元構造を復元できる。また、この用途のために、リカレンスプロットから元の時系列データを復元するアルゴリズムの高速化を図った(Hirata et al., Chaos, 2021)。非線形時系列解析から始まった研究が、新たな生物学を生み出しつつある。 |
| （英） | A recurrence plot was originally proposed as a two-dimensional tool for visualizing a time series (Eckmann et al., EPL 1987; Marwan et al., Phys. Rep., 2007). It is known that one can recover a rough shape of the original time series from a recurrence plot (Hirata et al., Eur. Phys. J. Spec. Top., 2008; Hirata et al., Int. J. Bifurcat. Chaos, 2015; Khor & Small, Chaos, 2016). We use this property to reconstruct 3D chromosome structure from single cell Hi-C data (Hirata et al., Sci. Rep., 2016), which record which parts of chromosomes are close to which parts (Nagano et al., Nature, 2013; Tan et al., Science, 2018). Furthermore, we improve this recovery process to make it run faster (Hirata et al., Chaos, 2021). The tool of nonlinear time series analysis is opening a door of new biology. |
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| キーワード | （和） | リカレンスプロット / 逆変換 / single cell Hi-Cデータ / 染色体3次元構造 / 再構成 / / / |
| （英） | recurrence plots / inverse transform / single cell Hi-C data / 3D chromosome structure / reconstruction / / / | |
| 文献情報 | 信学技報, vol. 122, no. 280, NLP2022-63, pp. 31-34, 2022年11月. | |
| 資料番号 | NLP2022-63 | |
| 発行日 | 2022-11-17 (NLP) | |
| ISSN | Online edition: ISSN 2432-6380 | |
| 著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します．(許諾番号：10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) | |
| PDFダウンロード | NLP2022-63 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | NLP |
| 開催期間 | 2022-11-24 - 2022-11-25 |
| 開催地（和） | 立命館大学 びわこ・くさつキャンパス |
| 開催地（英） | |
| テーマ（和） | Recurrence Plots，一般 |
| テーマ（英） | |
| 講演論文情報の詳細 | |
| 申込み研究会 | NLP |
| 会議コード | 2022-11-NLP |
| 本文の言語 | 日本語 |
| タイトル（和） | リカレンスプロット逆変換を用いた染色体3次元構造の高速再構成 |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Fast reconstruction of 3D chromosome structure based on an inverse transform of a recurrence plot |
| サブタイトル（英） | |
| キーワード(1)（和/英） | リカレンスプロット / recurrence plots |
| キーワード(2)（和/英） | 逆変換 / inverse transform |
| キーワード(3)（和/英） | single cell Hi-Cデータ / single cell Hi-C data |
| キーワード(4)（和/英） | 染色体3次元構造 / 3D chromosome structure |
| キーワード(5)（和/英） | 再構成 / reconstruction |
| キーワード(6)（和/英） | / |
| キーワード(7)（和/英） | / |
| キーワード(8)（和/英） | / |
| 第1著者 氏名（和/英/ヨミ） | 平田 祥人 / Yoshito Hirata / ヒラタ ヨシト |
| 第1著者 所属（和/英） | 筑波大学 (略称： 筑波大) University of Tsukuba (略称： U. Tsukuba) |
| 講演者 | 第1著者 |
| 発表日時 | 2022-11-24 14:15:00 |
| 発表時間 | 25分 |
| 申込先研究会 | NLP |
| 資料番号 | NLP2022-63 |
| 巻番号（vol） | vol.122 |
| 号番号（no） | no.280 |
| ページ範囲 | pp.31-34 |
| ページ数 | 4 |
| 発行日 | 2022-11-17 (NLP) |
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